水产动物疾病的发生不是一个孤立的原因造成的，它是水产动物机体、病原体和生活环境三者之间相互错综复杂作用的表现。因此，防治水产动物疾病不能光从某一方面考虑，而要采取“综合措施”，既要增强水产动物机体的抗病力，又要消灭病原体，还要改善生活环境，使生活环境有利于水产动物的生长和健康，而不利于病原的发生和发展。综合防治一般采取三个方面的措施：
1、控制和杀灭病原体的措施，除上题所述的“四消”外，还要注意，勿从病区购入苗种；冬闲时池塘要进行清淤日晒；发病季节要定期投喂药饲等。
2、增强水产动物机体抗病力的措施，除上题所述的投喂饲料要贯彻“四定”原则外，在注射或浸泡疫苗时，捕捞、运输时勿使水产动物受伤等。
3、控制和改良水债权环境的措施 采用化学药物（如生石灰、过氧化钙）、生物（如光合细菌、藻类）和物理（如充气、换水）等方法控制和改良水质，使深氧、氨氮、亚硝酸盐、pH等理化指标符合水产动物的生长、发育的要求。
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