由于有些养殖户不注意抗生素添加的数量和方式方法，因此产生一些副作用，易使病原菌产生抗药性，降低抗疾病效果和养殖效益，而且在产品中残留的抗生素会给人体健康带来危害。
控制添加数量在使用抗生素时，应严格按照抗生素的说明和要求去使用，不要随意加量。如土霉素用作治疗特种动物疾病时，可在每吨饲料中添加10克~15克，过分添加不仅增加成本，增强病原菌的耐药性，而且污染环境，降低效益。
控制用药时间如果长期使用同种抗生素，会抑制肠道内某些有益微生物的正常生长和繁殖；要控制用药时间，有效地限制药物在畜禽产品中的残留量。
注意配伍禁忌市场上销售的抗生素种类多，如果使用时不注意配伍禁忌，不但起不到预防治疗作用，还可能引起特种动物中毒死亡。如四环素类与青霉素、磺胺素、氯霉素有配伍禁忌。
分清不同种类不同种类特种动物、同种特种动物的不同生长阶段及体型大小、生产性能高低，对抗生素使用有区别。
与饲料混合均匀使用抗生素时应制成预混剂，然后再拌入饲料中，这样一般较易拌匀。严禁将抗生素纯品直接拌入饲料，这样往往会因搅拌不匀，而引起动物中毒。
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