随着人们认识的不断深入，对食品和环境质量要求的不断提高，人们开始发现，在这些抗生素饲料添加剂所带来的巨大经济效益后面所隐藏的弊端。诸如抗生素引起的内源性感染和二重感染（刘亚力，1999），细胞耐药性的产生，畜禽免疫力下降和畜产品及环境中残留等都对养殖业、饲料工业和动物及人类健康产生负面影响。因此，很多国家和地区都发出禁用抗生素的命令。在人们不懈的努力下，一些有效克服抗生素添加剂弊端，具有促生长作用的替代品不断被开发出来，益生素（活菌制剂）、低聚糖（化学益生素）、酶制剂、中草药等即其主要代表。以下将抗生素饲料添加剂的弊端和四种主要替代品做一简单的阐述。
　　长期使用抗生素导致细菌产生抗药性
　　虽然耐药性因子的传递频率只有10-6（薛恒平，1998），但由于细菌数量大，繁殖快，在这一频率下，仍造成抗药菌株的扩散、蔓延，而且可以使一种细胞产生多种耐药性。抗生素滥用导致耐药菌株增加，而抗生素饲料添加剂长期大量不合理使用是其中一个主要原因。1957年，日本最早报道了病原菌抗药性现象，发现一些引起疾病的宋内氏志贺氏菌具有1种以上的抗药性，到1964年，40％的流行株有四重或多重抗药性。1972年，在墨西哥有1万多人被抗氯霉素的伤寒杆菌感染，导致1400多人死亡。美国也报道过具有六重抗药性的鼠伤寒杆菌引起食物中毒事件。
　　我国作为发展中国家，群众科学文化素质低，各项制度尚不健全，片面追求高效、广谱抗生素百病皆治的效用和片面追求效益而大量添加抗生素等错误做法，导致我国病原菌抗药性问题越来越严重，改革开放近几十年来尤为明显，各种病原菌均有不同程度的抗药性。在中东部经济发达、抗生素应用频繁地区，志贺氏菌几乎100％具有抗药性（薛恒平，1998），对四环素类抗生素尤为明显。畜牧业中，大肠杆菌、葡萄球菌、沙门氏菌等过去并不严重或较少发生的细菌病，现已上升为家禽的主要传染病，这与长期滥用抗生素有直接关系。
　　长期使用抗生素造成畜禽机体免疫力下降
　　大量抗生素在其被摄入机体后，会随血液循环分布到淋巴结、肾、肝、脾、胸腺、肺和骨骼等各组织器官，动物机体的免疫能力就被逐渐削弱，人和动物慢性病例增多，一些可以形成终生坚强免疫的疾病频频复发。抗生素还会导致抗原质量降低，直接影响免疫过程，从而对疫苗的接种产生不良影响。
　　长期使用抗生素引起畜禽内源性感染和二重感染
　　抗生素虽都有自己的抗菌谱，但基本都难以避免在作用于病原菌同时会影响机体内有益菌群生长，尤其是长期大量使用，会造成机体内菌群失调，微生态平衡破坏。潜伏在体内的有害菌趁机大量繁殖，而引起内源感染。另外一种情况，抗生素会消灭体内敏感菌,在体内某些微生物附着点上造成大量空位，为外界耐药病菌乘虚而入提供机会，从而造成外源感染。二重感染也是由于使用大量抗生素杀灭某种细菌时，破坏微生态平衡，另外一种或多种内源或外源病菌随即再次感染机体造成的。
　　长期使用抗生素在畜产品中造成残留
　　抗生素被吸收到体内后，分布到几乎全身各器官，但大多数抗生素都难以透过机体的几个天然屏障，如血脑屏障、血睾屏障等。抗生素在内脏器官尤其是肝脏内分布较多，而在肌肉和脂肪中分布较少。抗生素的代谢途径多种多样，但大多数以肝脏代谢为主，经胆汁由粪便排出体外；也会通过泌乳和产蛋过程残留在乳和蛋中。一些性质稳定的抗生素被排泄到环境中后仍能稳定存在很长一段时间，从而造成环境中的药物残留。这些残存的药物，通过畜产品和环境慢慢蓄积于人体和其他植物体中，最终以各种途径汇集于人体，导致人体产生大量耐药菌株，失去对某些疾病的抵抗力，或因大量蓄积而对机体产生毒害作用。
　　为了饲料工业和畜牧业的健康发展，为了子孙后代的健康，慎用禁用抗生素，积极开发安全、无毒、无副作用的替代品是一项紧迫关键的任务。